截止2014年12月,海洋三所有在職職工400余人,其中,中國工程院院士1人,入選國家“百千萬人才工程”3人,入選福建省“百千萬人才工程”2人,享受政府特殊津貼專家6人、廈門市拔尖人才2人,副高級(jí)職稱以上科技人員152人,具有碩士、博士學(xué)位人員317人(約占總職工人數(shù)的72%),是國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)的碩士學(xué)位授予單位,并建有博士后科研工作站,先后與美、德、法、日等30多個(gè)國家和我國臺(tái)灣、香港等地區(qū)的有關(guān)機(jī)構(gòu)建立了交流與合作關(guān)系。出版中國自然科學(xué)核心期刊《應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報(bào)》Journal of Applied Oceanography(季刊)。